Není známo, kdo a kdy kostel postavil. Předpokládá se ale, že se tak stalo v průběhu 14. století, kdy Černčice měli v držení páni z rodů Kouniců. Z církevních dokladů té doby vyplývá, že i v Černčicích bývala fara. První zmínka o kostele je z roku 1355, kdy je uváděn první známý kněz – plebán Dobřemil. Fara údajně stávala v nynějším školním sadě. V roce 1377 je uváděno pořízení prvního zvonu. Zánik farnosti černčické se datuje kolem roku 1500, kdy Jan Černčický z Kácova odešel na své nové sídlo do Hradiště nad Metují. Od té doby přešly Černčice pod farnost bohuslavickou. Roku 1512 je pořízen druhý zvon, v roce 1577 třetí. V roce 1580 je odstraněn dřevěný strop z barevně zdobených tabulí a nahrazen klenbou a je vestavěna kruchta na pískovcových pilířích. V roce 1610 byl kostel obílen. Roku 1617 byla přistavěna na východní straně kostela sakristie.

Roku 1661 byl pořízen hlavní oltář s obrazem patrona kostela sv. Jakuba. Pohromou pro kostel byl rok 1744, kdy byl vyrabován pruským vojskem. V roce 1831 byla vybudována kazatelna. Roku 1846 byl kostel obnoven a došlo ke zrušení a zazdění postranního vstupu a k vybudování vstupu nového přes sakristii. Šindelová střecha byla nahrazena taškovou krytinou. V roce 1893 byla zhotovena křížová cesta. V roce 1907 byla střecha kostela doplněna o sanktusník se zvonkem. V době II. světové války byl zvonek sejmut a ukryt. Nalezen byl v květnu 1970 p. Josefem Ježkem v krmelci pro zvěř „ Ve stráni“. V roce 1995 byla opravena střecha a vyměněny tašky. V roce 2010 byla opravena fasáda. Kostel je postaven v gotickém slohu, jehož prvky jsou patrné na vstupním portálu, oknech a klenbě presbytáře. Během staletí byl kostel upravován a přestavován do dnešní podoby. V kostele se nachází cínová křtitelnice z roku 1585. Původní varhany byly pořízeny v roce 1799. Nové varhany byly zakoupeny v roce 1907. V sousedství kostela se nachází čtyřpatrová renesanční zděná zvonice, stavba obranného charakteru vybudovaná roku 1613. O její výstavbu se zasloužil a majitel novoměstského panství Rudolf ze Stubenberka. Nad vstupem do věže je v kameni vytesán erb rodu – obrácená kotva, stejně jako u věže v sousedních Bohuslavicích. Výška věže je 25 metrů, půdorys 8×8 metrů, má pět nadzemních podlaží, která jsou vzájemně propojena dřevěnými schody. První čtyři podlaží mají silné kamenné zdi, poslední podlaží, kde byly osazeny zvony, je z masivní dřevěné konstrukce obité bedněním.

Ještě na přelomu 19. a 20. století bývaly na zvonice tři zvony: sv. Jan Křtitel (z r. 1512, váha 10 centů), sv. Jakub (z r. 1577, váha 17 centů – asi 1200 kg) a sv. Anna (z r. 1620, váha 4 centy). V 1. sv. válce byly zrekvírovány sv. Jakub a sv. Anna, ve 2. sv. válce i sv. Jakub. Jan se naštěstí pár měsíců po válce našel a navrátil nazpět. V roce 2012 byl odlit podle původního sv. Jakuba, který pukl roku 1907, byl přelit, ale roku 1917 zrekvírován, nový stejnojmenný zvon z dílny českého zvonaře Petra Rudolfa Manouška ze Zbraslavi. Odlit byl v dílně v holandském Astenu.